三柱神社は、旧城下町から堀を一本隔てた外に位置します。柳川城から見ると、ちょうど鬼門の方角にあたります。
社名の由来は、祭神として戸次道雪、その養嗣子にして藩祖立花宗茂、道雪の娘で宗茂の妻ぎん千代を祀っていることによります。しかし、当初からこの三柱の祭神が一所に祀られていたわけではありません。
道雪は天明３年（1783）梅岳霊神の神号が贈神され、翌年神号が柳川に下着、三の丸長久寺（現在廃寺）内に梅岳宮が建立され、ここに祀られていました。一方、宗茂とぎん千代は日吉神社（坂本町）の近くにあった唯一宮に祀られていました。
文政３年（1820）、宗茂に松陰霊神、ぎん千代に瑞玉霊神の神号が贈神され、同６年その２神が梅岳宮に遷宮合祀されて、三柱神社となりました。しかし、これでは規模が小さいため、三柱神社は新たに規模を拡張して、高畑の地に造営されることになりました。
文政８年に造営が開始され、翌年8月16日に遷宮式が執り行われました。
こうして新たな地に出来た三柱神社は「御新宮」と呼ばれ、藩内の崇敬を集めることになりました。
神社内には、本殿など文政期からの建築物も残っています。拝殿・回廊も建築当初からのものが残っていましたが、平成17年残念ながら火災により焼失してしまいました。
参道入口に架かる通称欄干橋の擬宝珠には「慶長四年」の銘をもつものがあり、これはもともと柳川城の三の丸・二の丸間に架かっていた橋にあったものと伝えられています。また、境内には多くの石造物があり、その中には柳川出身の横綱雲龍久吉が奉納した灯籠もあります。
三柱神社の秋の大祭は、オニギエと呼ばれています。これは「大賑わい」からきたとされています。
このオニギエの中日に神幸行列がおこなわれますが、その先頭に進む山鉾が「どろつくどん」です。「どろつくどん」という呼び名は、お囃子の音に由来しています。これは、文政９年の遷宮式の時に、外町（現保加町）の人たちが江戸神田明神の葛西囃子と京都の祇園山鉾を参考に作って奉納し、大好評を得たため、毎年奉納されるようになったと言われています。現在では、保加町、上町、蟹町、京町三丁目の四町が一年交替で出しています。
この「どろつくどん」は、県の無形民俗文化財に指定されています（昭和41年指定）。
